La investigación desarrollada en la institución ha sido orientada a la solución de problemas sociales y del sector productivo, para lo cual se han consolidado 11 líneas de investigación en cuatro cuerpos académicos, dirigidos al desarrollo de proyectos de investigación en áreas como: alimentos, bioproductos y medio ambiente, manufactura, robótica, energética, procesos químicos, bioprocesos, redes, sistemas distribuidos y paralelismo, base de datos y recuperación de información, investigación de la Web e ingeniería de software. Ejemplo de la aplicación de la investigación generada en el TESE, es el proyecto de “máquina cortadora de maíz”, que obtuvo el primer lugar en el concurso nacional de creatividad 2006-2007 y que resolvió una problemática específica de los productores de maíz en varias comunidades nacionales. Cabe destacar que algunos proyectos de investigación han contado con financiamiento externo.